https://repozytorium.ukw.edu.pl///handle/item/3483 2026-04-05T13:02:08Z 2026-04-05T13:02:08Z Górka, Adam Bonarek, Piotr https://repozytorium.ukw.edu.pl///handle/item/3545 2016-04-28T00:01:23Z 2013-01-01T00:00:00Z

Dwie twarze struktury przestrzennej białek - zastosowanie wiedzy o białkach samoistnie nieuporządkowanych w racjonalnym projektowaniu leków Górka, Adam; Bonarek, Piotr Białka są podstawowymi składnikami żywych komórek. Prawidłowe rozumienie cech ich struktury przestrzennej jest kluczowe dla zrozumienia ich funkcjonowania w organizmach żywych. Białka mogą przebywać w czterech wyróżnionych stanach organizacji struktury przestrzennej: uporządkowanym, stopionej globuli, pre-stopionej globuli i kłębka statystycznego. Funkcje białek mogą być związane z każdym tych stanów, a co ważniejsze, z przejściami pomiędzy tymi stanami. Znacząca liczba białek w przyrodzie zbudowana jest z mieszaniny rejonów uporządkowanych oraz samoistnie nieuporządkowanych, które pełnią ważne role w procesach przekazu sygnału, regulacji cyklu komórkowego i wielu innych. Standardowe podejście do racjonalnego projektowania leków nie sprawdza się w przypadku białek samoistnie nieuporządkowanych (IDPs) i wymaga zmodyfikowanej strategii postępowania. Jednym z atrakcyjnych celów terapeutycznych dla przemysłu farmaceutycznego są krótkie fragmenty łańcucha aminokwasowego pełniące funkcje elementów rozpoznawania molekularnego (MoRFs), które porządkują swoją strukturę w różnorodnych i licznych oddziaływaniach z innymi białkami. Charakterystyczną cechą MoRFs-ów jest ich częste występowanie w rejonach samoistnie nieuporządkowanych łańcucha polipeptydowego. Proteins are an essential component of living cells. Proper understanding of the properties of their structure is crucial to understanding their function in nature. The proteins and their fragments may exist in four states of structure organization: ordered, molten globule, pre molten globule and random coil. The particular function of proteins depend on any one of these states or a transition between them. A significant proportion of proteins in nature is composed of a mixture of ordered and intrinsically disordered regions, that fulfil important roles in the processes like signal transduction, cell cycle regulation and many others. The standard approach for rational drug design does not work for intrinsically disordered proteins (IDPs) and requires modified strategies. Furthermore, the majority of proteins with long intrinsically disordered regions (IDRs) use short molecular recognition elements (MoRFs), which undergo transition from disorder to order state and adopt various structures in numerous protein protein interactions. These interactions are an attractive therapeutic target for the pharmaceutical industry in the process of rational drug design.

2013-01-01T00:00:00Z Jarynowski, Andrzej https://repozytorium.ukw.edu.pl///handle/item/3544 2016-04-23T00:01:22Z 2013-01-01T00:00:00Z

Modelowanie epidemiologiczne na sieciach społecznych na przykładzie zakażeń szpitalnych (HAI) i chorób przenoszonych drogą płciową (STI) Jarynowski, Andrzej Charakterystyka kontaktów społecznych w postaci czasowej i sieciowej struktury (kiedy i z kim) ma wpływ na rozprzestrzenianie się chorób zakaźnych. W związku z rozwojem stosowanych metod komputerowych pojawiła się perspektywa wykorzystania ich w analizie sieci społecznych. Modele epidemiologiczne zostały wprowadzone jakby na kolejnym poziomie struktury sieciowej. W tej pracy przedstawię dwa typy zakażeń: wirusem HIV, czy HPV oraz bakteriami Chlamydii (czyli choroby przenoszone drogą płciową: STI) oraz HA-MRSA (czyli szpitalne zainfekowanie, odpornym na metycylinę, gronkowcem złocistym), rozprzestrzeniających się w odmienny sposób w różnych społecznościach. Zrozumienie wzorców kontaktów międzyludzkich oraz próba ich zamodelowania pomagają oszacować skalę zagrożenia oraz opracować metody kontroli epidemiologicznej. W moich badaniach skupię się głównie na wtórnej analizie danych szwedzkich dotyczących zakażeń szpitalnych oraz tych, wynikających z kontaktów seksualnych. Głównym, ogólnym rezultatem badań jest odtworzenie sieci kontaktów w szpitalach oraz częściowo sieci stosunków seksualnych na podstawie niepełnych i bardzo wrażliwych danych. Pierwszoplanowym, szczególnym wynikiem badań jest za to ustalenie najbardziej ryzykownych zachowań seksualnych (dla różnych grup patogenów) i umiejscowienie ich w kulturze. Odtworzyłem za pomocą modelu epidemiologicznego q-MCMC (quasi-Monte Carlo Markov Chain) wybuch epidemii MRSA w sztokholmskich szpitalach. Podjęta została również próba odnalezienia i oszacowania roli potencjalnych 'super-roznosicieli' w zastanej społeczności. Characteristics of contacts in the form of time and the network structure (when and with whom) has an impact on the spread of infectious diseases. In connection with the development of computer methods, their methods have been applied in social networks analyze. On another level, the network structure of epidemiological models have been introduced. In this paper we present two types of infections: HIV and Chlamydia bacteria (ie, sexually transmitted diseases: STI) and HA-MRSA (ie, hospital infection methicillin-resistant Staphylococcus aureus), which spread in different ways in different communities. In our study, we will focus mainly on secondary analysis of Swedish data of hospital infections and sexuality. Main, the general result of research is to restore the network of contacts in hospitals and to build sexual networks based on incomplete and highly sensitive data. The primary, a particular outcome for this study is to identify the most risky sexual behavior (for different groups of pathogens), their location in culture. We reconstructed, using an epidemiological model of q-MCMC (quasi-Monte Carlo Markov Chain), the outbreak of MRSA in a Stockholm hospital. We tried to locate and assess the potential role of 'super-spreaders' in a stagnant communities.

2013-01-01T00:00:00Z Jankowska, Elżbieta Szczepaniak, Krzysztof Sabat, Dorota https://repozytorium.ukw.edu.pl///handle/item/3543 2016-04-11T00:01:27Z 2013-01-01T00:00:00Z

Biologia syntetyczna: budowanie funkcjonalnych układów ze standaryzowanych części Jankowska, Elżbieta; Szczepaniak, Krzysztof; Sabat, Dorota Biologia syntetyczna to nowa, dynamicznie rozwijająca się dziedzina nauk biologicznych, łącząca elementy biologii molekularnej, inżynierii genetycznej i bioinformatyki. Jej założeniem jest stosowanie inżynieryjnego podejścia do projektowania żywych układów pełniących rozmaite funkcje. To podejście przejawia się między innymi w tym, że tworzone, gromadzone i używane są standaryzowane "części" biologiczne, dające się w prosty sposób łączyć w bardziej złożone funkcjonalne układy. Istotny wkład w dynamiczny rozwój biologii syntetycznej ma działalność silnej społeczności naukowców i studentów uczestniczących rokrocznie w konkursie iGEM (International Genetically Engineered Machine). Drużyna z Uniwersytetu Warszawskiego (UW) reprezentowała Polskę w tej rywalizacji już czterokrotnie. W ramach zeszłorocznego konkursu rozpoczęliśmy projekt mający na celu stworzenie "adaptorów ekspresji". Wyszliśmy od problemu jakim jest nierówny poziom ekspresji różnych białek znajdujących się pod kontrolą tego samego RBS (Ribosome Binding Site, miejsca wiązania rybosomu). Przy użyciu odpowiedniego algorytmu stworzyliśmy adaptory zawierające zadany RBS i pozwalające na uzyskanie jednolitego poziomu ekspresji różnych białek umieszczanych za takim adaptorem. Przeprowadziliśmy wstępne badania laboratoryjne, ale prace nad ostatecznym potwierdzeniem działania adaptorów wciąż są prowadzone na Wydziale Biologii UW. W tej pracy, oprócz zarysu projektu, rozpoczętego w roku 2011 przedstawimy zwięźle główne założenia biologii syntetycznej oraz miejsce konkursu iGEM w jej rozwoju.. Synthetic biology is a novel, dynamically developing branch of biological sciences which incorporates molecular biology, genetic engineering and bioinformatics. Its main principle is to apply engineering approach to the design of living systems performing various functions. This approach is manifested in creating, gathering, and using standardized biological ‘parts’, which can be easily merged into more sophisticated, functional systems. Dynamic development of synthetic biology is facilitated by active community of scientists and students participating every year in the iGEM competition (International Genetically Engineered Machine). University of Warsaw (UW) Team represented Poland four times in this competition. In our last year’s entry we undertook the project of creating brand new type of parts called “expression adapters”. What inspired us was the problem of unstandardized expression level of different proteins being under control of the same RBS (Ribosome Binding Site). Using adequate algorithm we obtained adapters including given RBS and allowing for uniform expression rates of different proteins fused with this adapter. We conducted preliminary work in wet laboratory, but research aiming for final confirmation of adapters’ operation is still being conducted at the Faculty of Biology, UW. In this paper, apart from outlining the scientific project we initiated in 2011, we will briefly present the main aspects of synthetic biology and the role of iGEM competition in its development.

2013-01-01T00:00:00Z Rozwadowski, Radomir Goździk, Denis https://repozytorium.ukw.edu.pl///handle/item/3542 2016-04-15T00:01:23Z 2013-01-01T00:00:00Z

Zastosowanie algorytmów genetycznych do optymalizacji rozmieszczenia mobilnych routerów Rozwadowski, Radomir; Goździk, Denis Algorytmy genetyczne są wykorzystywane w szerokim spektrum ludzkiego dążenia do optymalizacji życia codziennego, są krokiem milowym dla całej gałęzi wiedzy określanej mianem sztucznej inteligencji. został stworzony program optymalizujący, pod względem dostępnego zasięgu użytkowników, rozmieszczenie wielu mobilnych routerów w budynku, aplikacja biorącą pod uwagę rozmieszczenie ścian i użytkowników.

2013-01-01T00:00:00Z